Le tappe salienti della storia dell'Istituto si possono riassumere come segue.
Il 17 giugno 1951 un gruppo di amici di Luigi Sturzo, dando seguito alla sua volontà di dar vita a un istituto culturale, approva uno schema di statuto per la costituzione di una fondazione intitolata a suo nome.
L'Istituto Luigi Sturzo fu costituito ente morale il 25 novembre 1951 con decreto n. 1408 dal Presidente della Repubblica Luigi Einaudi.
Secondo gli intendimenti del fondatore, l'Istituto doveva operare nei diversi campi del sapere, dalla sociologia alla ricerca storica al diritto e all'economia, per contribuire alla formazione delle nuove classi dirigenti nell'immeditato dopoguerra sulla scia del vivace dibattito - fra i Partiti e nel Parlamento - sui problemi della ricostruzione e dello sviluppo dell'Italia.
Lo Statuto originario prevede che l'Istituto "raccolga, pubblichi e diffonda gli scritti di Luigi Sturzo e di altri studiosi di qualunque nazionalità attinenti agli studi suddetti; istituisca ed incrementi una biblioteca che possa agevolare la diffusione degli studi stessi ed essere di ausilio a tutti gli studiosi che abbiano per essi interesse; promuova cicli di conferenze; conferisca premi che costituiscano segno di riconoscimento per l'opera compiuta dagli studiosi in questo campo e promuova qualunque altra iniziativa che possa agevolare il raggiungimento degli scopi dell'Istituto".

Si possono identificare tre fasi nell'evoluzione dell'Istituto:

1951-1978. L'Istituto inaugura nel 1956 la sede di Palazzo Baldassini; avvia la pubblicazione dell'Opera Omnia di Luigi Sturzo; fonda la rivista Sociologia; inaugura il primo anno accademico del corso di sociologia storicista (1958); organizza a Roma il Congresso Internazionale di Sociologia (1967); istituisce borse di studio e cicli di formazione per classi dirigenti.

1978-1990. L'istituto promuove una Scuola storica italo-polacca, con borse di studio annuali per giovani studiosi polacchi; realizza iniziative di formazione per gli enti locali dell'Italia meridionale in collaborazione con il FORMEZ; ridefinisce, con alcuni grandi convegni, l'orientamento degli studi sul popolarismo in Italia e in Europa.

Dal 1990. L'istituto collabora al processo di informatizzazione del Paese potenziando i servizi di biblioteca e archivio e promovendo la costituzione di una rete che collega i patrimoni archivistici e bibliotecari delle più grandi fondazioni italiane; avvia ricerche che si traducono in convegni, seminari e pubblicazioni sui momenti significativi della storia politica e istituzionale italiana. L'Archivio Storico, grazie all'incremento di lasciti e acquisizioni, diventa uno dei più preziosi archivi privati italiani di interesse pubblico. L'attività di alta formazione in collaborazione con altre istituzioni nazionali e internazionali si consolida anche mediante l'adesione a progetti comunitari.

Dopo la morte di Luigi Sturzo, avvenuta a Roma l'8 agosto 1959, si sono succeduti nella carica di presidente dell'Istituto Salvatore Aldisio (1959 - 1964) e Giuseppe Spataro (1964 - 1979).

L'attuale Statuto, riveduto nel 1965, sostituisce quello originario del 1951.

Dal 7 aprile 1979 Presidente dell'Istituto è il prof. Gabriele De Rosa.